Pondok Pesantren Nurul Jadid didirikan oleh KH. Mahfudz Amiruddin pada tahun 1970. Saat itu, masyarakat Pemuteran Gerokgak masih awam dan tidak banyak mengenal agama Islam. Pesantren ini diberi nama “Nurul Jadid” atas petunjuk dan pemberian KH. Hasyim Zaini Paiton Probolinggo Jawa Timur.
Saat itu KH. Hasyim Zaini datang ke KH. Mahfudz Amiruddin di Pemuteran Gerokgak, kemudian memberikan nama “Nurul Jadid”. KH. Hasyim mengharapkan agar pesantren yang didirikan oleh KH. Mahfudz ini tidak jauh beda dengan Pesantren Nurul Jadid Paiton Probolinggo yang diasuh oleh KH. Hasyim.
KH. Mahfudz Amiruddin merintis pesantren demi dakwah islamiyah, supaya Islam bisa menyebar di Pulau Bali. Secara bertahap, beliau melakukan pembinaan aqidah dan moralitas di tengah masyarakat yang spiritualitasnya kering. Beliau dibantu Haji Daris membangun pesantren dan musholla di atas tanah waqaf dari Nyai Syam.
Santri ketika itu masih belum ada yang menetap (berdomisili) di pesantren. Mereka hanya mengaji setiap malam di surau KH. Mahfudz Amiruddin. Namun seiring dengan perkembangan, kemudian ada santri yang ingin menetap di asrama. Santri pertama tersebut bernama Asmawan dan Adi Sofyan, keduanya dari desa Pemuteran.
Kiai Mahfudz memimpin Pesantren Nurul Jadid dari tahun 1970 sampai 1986. Kepemimpinan selanjutnya oleh KH. Mahfudz dipercayakan kepada KH. Syauqi Abror dan Ny. Maulidah Mahfudz pada tahun 1987. Karena Kiai Mahfudz ingin pulang ke Jawa. Beliau Kembali ke Pondok Pesantren Misbahul Hidayah Suboh Situbondo.
Di bawah pengasuh KH. Syauqi Abror, Pondok Pesantren Nurul Jadid berupaya “menjaga tradisi lama yang baik, dan mengambil tradisi baru yang lebih baik” sesuai dengan prinsip Al-Muhafadotu ‘Ala Qodimis Sholih Wal Akhdu Bil Jadidil Ashlah”. Perkembangan-perkembangan terus dilakukan demi kemajuan pesantren.